Verktyg för att analysera bakteriers tillväxt

Jag har under flera års tid hjälpt forskare vid Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi på Uppsala universitet att analysera data om bakterietillväxt. Ofta har det rört frågor om hur bakterier med olika gener växer under olika förhållanden, vilket är viktigt för att förstå hur antibiotikaresistens uppstår och fungerar.

De statistiska analyserna är rutinartade – kruxet är istället att det ofta är data från hundratals olika bakteriestammar som ska analyseras. Tidigare gjorde forskarna det ”för hand”, vilket tog några minuter för varje stam och ledde till många timmars monotont arbete framför datorn. Jag utvecklade ett skript som istället låter dem använda ett gränssnitt i sina webbläsare för att visualiserade bakteriernas tillväxt och automatiskt utföra den statistiska analysen, så att alla stammar kan analyseras inom loppet av några sekunder.

Skriptet, som finns beskrivet här, har idag använts av forskare från en rad olika länder. Förra året använde vi det i en artikel där vi kunde visa att E. coli-bakterier som i laboratorietester är resistenta mot antibiotikumet mecillinam i själva verket inte behöver vara antibiotikaresistenta när de lever i människokroppen. Mecillinam ges ofta mot urinvägsinfektioner i Sverige. Resultaten bidrar till att förklara varför den kliniska resistensutvecklingen mot just mecillinam har varit så låg och pekar på att de laboratorietester som idag används för att undersöka antiobiotikaresistens kan behöva utvecklas.

Konsult och föreläsare inom statistik och AI

Jag är en erfaren konsult och föreläsare inom statistik och artificiell intelligens, specialiserad på att lösa komplexa problem som kräver avancerad dataanalys, matematisk modellering eller smarta algoritmer. Ofta tar jag mig an och löser svåra problem där andra försökt men gått bet. Min erfarenhet sträcker sig över problem från en rad olika områden: från antibiotikaresistens till kärnbränsle, från mjölkningsrobotar till personalfrågor, från diskbråck till musikvideor.

Har ni stora komplexa datamaterial eller små enkla mätserier? Behöver ni hjälp med analys och visualisering av data? Automatisering, prognoser eller beslutsstöd? Biostatistik, machine learning eller data mining? En väl genomförd statistisk analys ger er bättre förståelse och leder till bättre beslut.

Jag är doktor i matematisk statistik, docent i statistik och har jobbat som konsult sedan 2010. Kontakta mig så pratar vi om hur jag kan hjälpa er att få ut mer av era data.

Läs mer om de tjänster jag erbjuder här och tidigare uppdrag här.